Người ta cho rằng Bạt Đô Mông Kha là con trai của Bá Nhan Mông Kha (Bayanmunh), người là jinong của bộ tộc Bolkhu (hay hoàng tử) thuộc gia tộc Bột Nhi Chỉ Cân và Shiker Taiko (Shihir Taihu) của Uriyangkhai ở Mông Cổ. Bà nội của ông, Sechen, là con gái của Dã Tiên của người Ngõa Lạt (Oirat). Mặc dù bộ lạc Bolkhu và gia đình ông phải chịu đựng những giờ phút đen tối nhất trong cuộc đời dưới triều đại của Dã Tiên và cuộc xung đột nội bộ của triều đại Bắc Nguyên, họ đã được người chú (anh trai) Manduul Khan (cai trị từ 1465-67) chào đón ngay sau khi ông ta đăng quang.

Cha của Bạt Đô Mông Kha và chú Manduul của ông ta đã trả giá vì những lời buộc tội từ các lãnh chúa, và Bá Nhan Mông Kha đã bỏ trốn và bị sát hại. Thái sư Ismayil của Manduul (còn được gọi là Isama) sau đó lấy vợ Shikher và tài sản. Để cứu cuộc đời của Bạt Đô Mông Kha, Shiker đã sinh con cho gia đình Bakhay để chăm sóc ông. Tuy nhiên, Temur-Qadag thuộc bộ tộc Đảng Hạng (đã bị Mông Cổ hóa) đã đưa đứa trẻ từ Bakhay. Vì dòng máu Bột Nhi Chỉ Cân của mình, Bạt Đô Mông Kha được chăm sóc chu đáo bởi những người bình dân Mông Cổ và các quý tộc nhỏ.

Trước cái chết bất ngờ của Manduul Khan năm 1467, Bạt Đô Mông Kha được năm tuổi. Sau đó, ông được thái hậu Mandukhai, góa phụ của Manduul Khan nhận nuôi. Khi những người trung thành của Mandukhai mang Bạt Đô Mông Kha trở lại, ông bị mắc bệnh echinococcus. Mandukhai đã điều trị cho ông và cậu bé Bạt Đô Mông Kha sớm bình phục.